BASES DE DATOS PUBMED, SCOPUS, WEB OF SCIENCE Y EMBASE: Búsqueda para la revisión sistemática

Elaborado por:
Joshuan J. Barboza
Doctor in Clinical Research. 
Investigador Distinguido RENACYT
Senior Researcher. Universidad Norbert Wiener.
Professor of Clinical Research, Universidad César Vallejo.
Researcher of Systematic Review and Meta-analysis USIL, Lima, Perú.
SCOPUS ID: 57204457871
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-2896-1407

Email: jbarbozameca@gmail.com

 La búsqueda sistemática es el pilar de trabajo de toda revisión sistemática. Sin embargo, no es el primer paso, considerando lo que escribimos en nuestra publicación anterior

Antes de empezar, debemos conocer algunos términos:

  • Base de datos: Es un sistema que almacena información de todos los estudios publicados y se encuentran indexados para su búsqueda y ubicación utilizando tesauros o palabras clave mediante estrategias de búsqueda.
  • Tesauros: Son términos que representan conceptos o contenidos que guardan relaciones semánticas o genéricas. Se pueden denominar como "lenguaje controlado".
  • MeSH: Siglas de Medical Subject Headings, o también "Descriptores en Ciencias de la Salud". Son los tesauros que pertenecen a Pubmed. Son las denominadas "palabras clave". Una palabra clave contiene un número de sinónimos que contienen el mismo significado, y por lo tanto, para una palabra clave, van a existir un número específico de artículos publicados que utilizaron esa palabra clave y se puede ubicar en el título, resumen, contenido. 
  • Operadores boleanos: Son frases que conjugan las palabras sinónimas de los tesauros con la finalidad de unificar los términos. 

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Para simplificar, vamos a detallar los procesos para la búsqueda en las diferentes bases de datos. 

1. PLANTEAR LA PREGUNTA PICO/PEO/PTS

Tabla 1. Etapas (3) para el desarrollo de la pregunta PICO.

Para el planteamiento de la pregunta, debemos tener predeterminado qué tipo de estudio vamos a incluir en nuestra revisión sistemática. En este ejemplo, se trata de un estudio de intervención, de tipo Ensayo Controlado Aleatorizado, por lo que usaremos la estructura PICO. 


2. TRANSFORMAR LAS VARIABLES PICO A TESAUROS

Las variables de la estructura PICO del Step 2, según la tabla 1, se tienen que transformar a tesauros. En este caso, empezaremos transformando a MeSH.

Para transformar las variables, debemos normalizar las descripciones. Por ejemplo, para la POBLACIÓN (P): "Adultos con hipertensión pulmonar", solamente utilizaremos "Hipertensión Pulmonar", y esta nueva variable la buscaremos en el diccionario MeSH. 

Lo mismo se debe realizar para todas las demás variables de la PICO.

Debemos considerar, que no todas las palabras se van a encontrar en el diccionario MeSH. Esto sucede sobretodo, en la INTERVENCIÓN, sobre todo si se trata de fármacos. 

Figura 1. Búsqueda de las variables en MeSH
Figura 2. Selección de la palabra para la variable (ENLACE)


3. GENERAR LAS ESTRATEGIAS POR PALABRA
Cuando ubicamos la palabra clave en el MeSH, debemos entender que la palabra a su vez puede tener diferentes sinónimos que contienen un número de estudios determinado, y por lo tanto, hay la necesidad de unificar a todos esos sinónimos. Por ejemplo:
Figura 3. Resultados del MeSH

Si observamos, para la palabra clave "Pulmonary Hypertension", existe otra palabra "Hypertension, pulmonary". 
Si hacemos una búsqueda básica con cada palabra, encontraremos:
Figura 4. Resultados de búsqueda por palabra.

Podemos observar, en la figura 4, que existen diferentes resultados por cada palabra. Esto significa que hay estudios (artículos científicos) que se indexaron con una palabra clave o con otra, pero ambas significan lo mismo. 
Ahora, ¿qué pasaría si las unimos?.
Para poder unir estas palabras clave, utilizaremos un operador boleano: OR. Este operador boleano nos permitirá unir todos los sinónimos o palabras clave que traten del mismo concepto. 

Antes de continuar con la unión a través de OR, debemos considerar, algunos aspectos:
  • Todas las estrategias por palabras, deben estar encerradas con paréntesis.
  • Las palabras compuestas, o que contengan "comas" ( , ) deben estar encerradas entre comillas. 
  • Si las variables no tienen tesauros o MeSH, se debe utilizar la palabra en inglés. 
  • Además de las palabras clave o tesauros, también pueden ubicarse otras palabras a través de los estudios publicados, de tal manera que se puedan obtener más "variantes" de las palabras y encontrar más artículos resultantes. 
De esta manera, para nuestra variable "Pulmonary hypertension", nuestra estrategia es:
#1= ("Pulmonary hypertension" OR "Hypertension, pulmonary" OR "Pulmonary Arterial Hypertension" OR "Arterial Hypertension, Pulmonary" OR "Hypertension, Pulmonary Arterial" OR "PAH")

De igual forma, trabajaremos para todas las demás variables de la PICO. 
Figura 5. Estrategia de búsqueda para Pubmed

Para nuestro caso, hemos agregado la estrategia únicamente para la (P) y para la (I); por lo que hemos omitido la (C) y la (O). Esto se explica porque el control es placebo y no requiere búsqueda especial, además de que no encontraremos necesariamente estudios publicados que utilicen la palabra placebo, lo mismo sucede con el desenlace. Hemos agregado también las palabras clave relacionadas al tipo o diseño del estudio, necesarios para ser más específicos. 

Si se observa la figura 5, cada estrategia tiene asignado un número. El #1 pertenece a la (P), el #2 pertenece a la (I), el #3 al diseño. Pero, ¿el #4?. 
En la estrategia #4, utilizaremos otro operador boleano: AND. Este operador sirve para unificar todas las estrategias, es decir, para unir las diferentes palabras clave. Hasta este punto, ya desarrollamos nuestra estrategia de búsqueda en Pubmed, y se utilizará esta estrategia como base para todas las demás bases de datos.


BÚSQUEDA AVANZADA EN PUBMED

En Pubmed, nos dirigimos a BÚSQUEDA AVANZADA:


Colocamos la estrategia en la sección "Enter a search term", luego click en "Add" y luego, en el "Query box", seleccionamos "Add to history":



Continuamos realizando lo mismo con las demás estrategias de la PICO:



Para unir todas las estrategias, en el History, seleccionamos la estrategia #1 y luego "Add query". 


Luego, agregamos las demás estrategias seleccionando "Add with AND":



Seguido, cuando todas las estrategias se encuentren en el "Query box", selecionamos nuevamente "Add to history":


Cuando tengamos los resultados de la unión, ingresamos a los resultados (n=40):



Luego, preparamos la biblioteca para su exportación, seleccionando "Save", además, en "Selection -->All results", y en "Format--> Pubmed", y finalmente "Create file":




Cuando la biblioteca se exporte, luego se importará a través de un gestor bibliográfico como "Zotero", "Mendeley" o "Endnote". 




BÚSQUEDA AVANZADA EN SCOPUS

Utilizando la estrategia de Pubmed, agregaremos antes de cada paréntesis "TITLE-ABS-KEY". 

Entramos a Scopus, y nos dirigimos a "Búsqueda avanzada":



Colocamos la primera estrategia, y luego click en "Search":


Luego nos hacemos click en "Edit in advanced search", y colocamos de igual forma las demás estrategias:

Cuando terminemos, nos dirigimos hacia el final de la página y en la sección "Search history", vamos a "Combine queries" y agregamos los números de cada estrategia grabada:





Los resultados de esta búsqueda, se tienen que preparar para la exportación. Para ello, seleccionamos "All" y en "Export-->RIS": 

Luego, seleccionamos todos los casilleros hasta hacerlos "naranja" y finalmente "Export":

BÚSQUEDA AVANZADA EN WEB OF SCIENCE

Entramos a Web of Science desde la biblioteca de su universidad. Nos dirigimos a "Búsqueda avanzada":

Utilizando la estrategia en Pubmed, colocamos la primera estrategia y luego click en "Add to query":


Luego, hacemos lo mismo con las demás estrategias, manteniendo la opción del operador "AND". Una vez colocadas las estrategias, click en "Search":

Los resultados, se deben preparar para exportar. Seleccionamos todos los resultados, luego en "Export-->RIS": 


Seleccionamos todos los resultados, y escogemos la opción "Full record" y finalmente "Export":


BÚSQUEDA AVANZADA EN EMBASE

En embase, no usaremos la estrategia de Pubmed. Para empezar a realizar la búsqueda avanzada, nos dirigimos a: "Advanced":

Como la plataforma de Embase-->Advanced es intuitiva, vamos a colocar una sola palabra por PICO para agregar los "Emtree" que son los tesauros de Embase. Por ejemplo, colocamos la primera palabra y luego "Search":

Luego, en la caja de búsqueda, vamos agregando a las demás palabras:


Luego, seleccionamos todos los resultados y los unimos con "AND", finalmente, click en "Combine":

Para exportar los resultados, seleccionamos el número total obtenido luego de combinar los resultados, y click en "Export":

Cuando salga la siguiente ventana, seleccionamos en "Format-->RIS", y luego en "Export". Es probable que se abra una ventana emergente que se deba autorizar para abrir:


En un siguiente post, subiremos el proceso de gestión de referencias bibliográficas con Zotero y Endnote.
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